1272 erwarb die Kommende Freiburg (gegr. 1207) von Gottfried von Staufen den Dinghof samt dem Kirchensatz in Heitersheim
1273 erhielt sie auch die zugehörigen Gerichtsrechte von Markgraf Heinrich von Hachberg. Damit war der Orden Ortsherr in Heitersheim. In der folgenden Zeit gelangen dem Orden in Heitersheim und seiner Umgebung zahlreiche Erwerbungen: 1297 wurden Gündlingen, 1313 Bremgarten und St. Georgen, 1315 Grißheim, 1371 Schlatt, 1504 Uffhausen und Wendlingen und schließlich 1613 Eschbach erworben. Die Besitzungen wurden zunächst von Freiburg aus verwaltet. Im heutigen Schloßbereich, der der Kommende Freiburg wohl nach dem Erlöschen der Adelsfamilie von Heitersheim zugefallen war, lebten jedoch 1335 schon drei Priester.
1379 bestand dort eine Filiale der Freiburger Kommende unter Leitung eines Priors, bis spätestens
1406 war diese zu einer eigenen Kommende erhoben worden, die jedoch der Freiburger Komtur in Personalunion mitverwaltete.
1428 wurde Heitersheim auf dem Generalkapital zu Rhodos zum Sitz des Großpriors in Deutschland bestimmt. Sein Einflußbereich erstreckte sich gleichzeitig als "Johannitermeister in teutschen Landen" darüber hinaus von den Alpen und Vogesen bis nach Ungarn und Polen im Osten und Skandinavien (Dacien) im Norden.
1505 verlegte Großprior Johann Hegenzer von Wasserstelz seinen Sitz endgültig nach Heitersheim. Die Kommende Freiburg wurde seither von hier aus verwaltet, ihre Gebäude 1677, anläßlich der Befestigung der Stadt durch Vauban, abgerissen.
1512-1546 regierte Johannitermeister Johann von Hattstein. Er vergrößerte den Schloßbereich durch Einbeziehung des heutigen Vorhofs und stiftete eine neue Pfarrkirche
1546-1554 war Georg Schilling von Canstatt Großprior. Wegen seiner großen Verdienste um das Reich erhielt er auf dem Reichsfürstentag zu Augsburg 1548 von Kaiser Karl V. die Würde eines Reichsfürsten für sich und seine Nachfolger. - Heitersheim wurde Fürstentum.
1612-1616 amtierte Fürst Johann Friedrich Hund von Saulheim. Er stiftete ein Franziskanerkloster (aufgehoben 1803) und das heutige Pfarrhaus.
1644 zeichnete Merian das Heitersheimer Schloß als gewaltige Wasserburg. Die Malteserfürsten des 17./18. Jh. entfalteten eine intensive Bautätigkeit: unter Fürst Friedrich, Landgraf von Hessen (1647-82) entstand der Sommersitz Weinstetten, unter Fürst Otto von Merfeldt (1721-27) das Malteserbad, Fürst Philipp Weilhelm von Nesselrode und Reichenstein (1728-52) ließ das Kanzleigebäude, die Herrenmühle und das Kanzlerwohnhaus erbauen.
1806 fiel das Fürstentum Heitersheim durch die sog. Mediatisierung an das Großherzogtum und wurde aufgehoben. Das Schloß diente dem letzten Fürsten Ignaz Balthasar Rinck von Baldenstein bis zu dessen Tode
1807 als Wohnsitz. Es wurde in der Folge von großherzoglichen Beamten bewohnt, später auch von Pensionären und Beamtenwitwen. Es wurden zahlreiche Umbauten vorgenommen.
1826 wurde der älteste Teil des Schlosses, der Nordflügel, abgerissen, wenig später auch der Südflügel, in dem sich die Fürstenwohnung, die Hauskapelle und ein Rondellturm befunden hatten.
1845 gingen die Schloßgebäude durch Verkauf an verschiedene Besitzer, von denen sie seit
1893 der Orden der Schwestern des hl. Vinzenz v. Paul für das Freiburger Mutterhaus erwarb.
1908-1910 entstanden anstelle des bisherigen Fruchtspeichers das Schwesterhaus sowie im Bereich des ehemaligen Nordflügels die Kirche St. Borromäus. Teile der Schloßanlage nutzen seit
1971 die Malteserschloßschule, eine Sonderschule für geistig behinderte Kinder und Jugendliche, getragen vom Landkreis Breisgau-Hochschwarzwald, und seit 1967 eine vom Caritasverband Freiburg-Stadt unterhaltene Behindertenwerkstätte.
1977 wurde der Sonderschulkindergarten für geistig behinderte Kinder eingeweiht.
Mehr über die Malteser erfahren Sie im "Museum im Schloss" (ehemals Johanniter- und Maltesermuseum), das sich in den Kellergewölben des ehemaligen Kanzleigebäudes befindet, oder unter www.museum-im-schloss.de.
Mehr über die Johanniter Unfallhilfe und den Johanniterorden erfahren Sie unter:
